История острова начинается с тех далеких времен, когда сорок тысяч лет назад группы людей из древнего Китая перешли через перешеек суши на Борнео. Первой из известных на данный момент стоянок стало ущелье Ниа. Подтверждением тому являются археологические находки, свидетельствующие о жизни и смерти древних людей: каменные орудия, погребальные принадлежности и артефакты, а также фрагменты черепа "Ниасского Человека", возраст которых насчитывает 35-40 тысячелетий. О более поздних поселениях нам говорят наскальные рисунки, которые сохранились и до нашего времени. Впоследствии местные жители ушли из Ниа и мигрировали на восток через Тихий океан.
Длительное время Борнео не было ни на каких картах, и только в 1521 году к берегам Борнео пристали корабли Магеллана. (Сам Магеллан был убит на Филиппинах несколькими месяцами ранее.) Есть некоторые свидетельства о том, что один итальянец по имени Людовико де Вартема посетил Борнео в 1505 году. Борнео упоминается и в дневниках Марко Поло, которые датируются XIII веком. Но официально считается, что "наш" остров был открыт только в 1521 году. Однако еще в VII-VIII веках до нашей эры, когда Борнео еще не было на картах, у островитян уже были налажены торговые отношения с Китаем, Японией, Индией и арабскими странами. В качестве торговой валюты шли перец, акулий плавник, птичьи гнезда, камфара, жемчуг, черепаший панцирь и сандаловое дерево.